年始のお参り（初詣）と喪中

新年のお参り（初詣）を、喪中には控えるようにと言われることが有ります。　理由としては「神様は穢れ（死は穢れの一種として認識）を嫌うので、喪中は神社にお参りはしないように」となっていると思います。　ただ、お寺は「死は穢れではない」と言う認識ですので、お参りをされても問題無いと思います。

また、神宮寺（神社だったものがお寺になったり・お寺だったものが神社になったり、神社の境内にお寺・お寺の境内に神社などがある）の場合には、どちらでも良いかと思いますが、気にされるなら神社の部分は避けるなどで良いかと思います。

喪に服す期間は、一年間となっている地域もあれば、４９日までと言う地域も有ります。　風習なので、その地域に合わせれば良いかと思います。